Prilikom sklapanja ugovora o javnoj nabavi izuzetno je važno primijeniti sve odredbe koje su predviđene Dokumentacijom o nabavi (DoN), odnosno nacrtom ugovora o nabavi koji je objavljen u sklopu DoN-a, ako je primjenjivo.

Jedna od najčešćih pogrešaka, koja je i uzrok financijskih korekcija, jest odstupanje od DoN-a unutar samog ugovora. Naime, ovakvom činidbom mijenjaju se uvjeti koji su bili raspisani za sve potencijalne ponuditelje. S jedne strane, događa se da se uvjeti iz DoN-a mijenjaju u korist Naručitelja te time idu na štetu druge ugovorne strane koja nije pristala na takve uvjete predajom ponude. S druge strane, a što događa se i češće od prvog slučaja, uvjeti iz DoN-a se mijenjaju u korist odabranog ponuditelja. Najčešće takvi slučajevi uključuju izmjene uvjeta plaćanja, postavljaju se dulji rokovi za izvršenje ugovora i sl. Namjere Naručitelja ne moraju biti loše – često Naručitelj ovo radi jer smatra da će olakšati izvršenje ugovora i učiniti ga sigurniji, dok sebi ne čini dodatnu štetu. Međutim, ovakvo postupanje je nezakonito jer da je DoN bio objavljen sukladno odredbama koje su sad u ugovoru prilagođene odabranom ponuditelju, postoji vjerojatnost da bi svoju ponudu podnijeli i drugi ponuditelji (npr. kojima uvjeti iz DoN-a nisu bili povoljni te su zbog toga odustali od sudjelovanju u procesu nabave).

Druga vrsta problema javlja se ukoliko se rade bitne izmjene ugovora. O bitnim izmjenama ugovora članak 321. ZJN 2016 kaže da se takvima smatraju one u kojima je ispunjen jedan ili više sljedećih uvjeta:

  1. izmjenom se unose uvjeti koji bi, da su bili dio prvotnog postupka nabave, dopustili prihvaćanje drugih natjecatelja od onih koji su prvotno odabrani ili prihvaćanje ponude različite od ponude koja je izvorno prihvaćena ili privlačenje dodatnih sudionika u postupak javne nabave
  2. izmjenom se mijenja ekonomska ravnoteža ugovora u korist ugovaratelja na način koji nije predviđen prvotnim ugovorom
  3. izmjenom se značajno povećava opseg ugovora
  4. ako novi ugovaratelj zamijeni onoga kojemu je prvotno javni naručitelj dodijelio ugovor, osim u slučajevima iz članka 318. Zakona.

Kako bi značajna izmjena bila uspješno implementirana u ugovor, važno je za istu postoji dobro opravdanje (dokazati nepredvidivost situacije), da je izmjena nužna te da bi, ukoliko se ne napravi dodatak ugovora, nastala ekonomska šteta na strani Naručitelja.

Dodatno, kod izmjena ugovora potrebno je obratiti posebnu pozornost na jamstva. Konkretno, ako je jamstvo za uredno ispunjenje bilo obaveza sukladno DoN-u i ugovoru, ukoliko se radi o produljenju ugovora ili povećanju ugovorne cijene, potrebno je, sukladno tome, tražiti i produljenje jamstva, odnosno povećanje iznosa jamstva za uredno ispunjenje ugovora. U sustavu EU fondova, preporuka Posredničkih tijela je da se u slučaju kršenja ugovornih odredbi od strane izvršitelja, osobito u slučaju neopravdanog kašnjenja s izvršenjem ugovorne obveze, aktiviraju ugovorena sredstva osiguranja te primijeni ugovorna kazna. Izostanak ovakvog postupanja predstavlja jednu od najčešćih nepravilnosti u provedbi projekta, što rezultira financijskim korekcijama. Praksa Posredničkih tijela je da nakon ex-post ocjene postupka nabave izriču financijske korekcije i na ugovore koje su već izvršeni, pa čak i u kojima nije nastala nikakva šteta za Naručitelja.